El problema es que quieres iniciar un date en 00:00:00 ?
Si es así pues le das un SetHour y los otros dos setteres(minutos y segundos y listo)
Lo otro que entiendo es que quieres darle formato de 24 y no de doce horas, si es asi pues yo uso esto:
Código:
Date d = new Date();
DateFormat df = new SimpleDateFormat("HH:mm:ss:SSS");
System.out.println("Starting task " + id + " at " + df.format(d));
y obtengo esto:
Starting task Task 3 at 13:10:10:328
Espero quede hyperaclarado o yo haya entendido bien