Gracias por la ayuda, aquí pongo el código como ejemplo para próximas dudas.
hacia falta un end y los ";"
Nuevamente Gracias.
SET TERM ^;
CREATE PROCEDURE ACTUA_ANEXO1
AS
DECLARE VARIABLE COD_DANE VARCHAR(12);
DECLARE VARIABLE COD_DANE2 VARCHAR(12);
DECLARE VARIABLE JORND VARCHAR(1);
BEGIN
FOR SELECT CODIGO_DANE FROM TEMP_ANEXO1_1 INTO :COD_DANE DO
BEGIN FOR SELECT I.INS_CODIGO_DANE, J.JOR_COD_R166 FROM INSTITUCION I, PERFIL_EDUCATIVO PE, GRADO_ESPECIALIDAD GE, GRUPO G, JORNADA J
WHERE I.INS_CODIGO_DANE=:COD_DANE
AND I.INS_ID=PE.INS_ID
AND PE.PER_EDU_ID=GE.PER_EDU_ID
AND GE.GRA_ESP_ID=G.GRA_ESP_ID
AND G.JOR_ID=J.JOR_ID
GROUP BY I.INS_CODIGO_DANE, J.JOR_COD_R166
INTO :COD_DANE2,:JORND DO
BEGIN
IF(JORND='1')THEN BEGIN
UPDATE TEMP_ANEXO1_1
SET JOR_COMPLETA='S'
WHERE CODIGO_DANE=:COD_DANE2;
END
IF(JORND='2')THEN BEGIN
UPDATE TEMP_ANEXO1_1
SET JOR_MANNANA='S'
WHERE CODIGO_DANE=:COD_DANE2;
END
IF(JORND='3')THEN BEGIN
UPDATE TEMP_ANEXO1_1
SET JOR_TARDE='S'
WHERE CODIGO_DANE=:COD_DANE2;
END
IF(JORND='4')THEN BEGIN
UPDATE TEMP_ANEXO1_1
SET JOR_NOCTURNA='S'
WHERE CODIGO_DANE=:COD_DANE2;
END
IF(JORND='5')THEN BEGIN
UPDATE TEMP_ANEXO1_1
SET JOR_FINSEMANA='S'
WHERE CODIGO_DANE=:COD_DANE2;
END
END
END
SUSPEND;
END^
SET TERM;^
Suerte!.