Hola David puedes hacerlo utilizando la sentencia Case When, la cosa quedaría de la siguiente manera.
Código SQL
[-]Select empleado, case when (empleadoimportante is null or empleado = empleadoimportante) then
sum(total)
else when (empleadoimportante is not null and empleado <> empleado importante) then
sum(total * porcentaje)
else
lo que corresponda
end as importe
group by empleado
Espero que te sirva
Un saúdo.