Creo que condiciones como IF ... THEN no hay, pero puedes resolverlo de otras maneras:
Si utilizas el UNION te devolverá los dos resultados unidos, como si fuera una sola consulta.
Código SQL
[-]
SELECT EMPLEADO,SUM(TOTAL) AS IMPORTE
FROM FACTURAS
WHERE ((EMPLEADOIMPORTANTE IS NULL) OR (EMPLEADO = EMPLEADOIMPORTANTE))
GROUP BY EMPLEADO
UNION
SELECT EMPLEADO,SUM(TOTAL * PORCENTAJE) AS IMPORTE
FROM FACTURAS
WHERE ((EMPLEADOIMPORTANTE IS NOT NULL) AND (EMPLEADO <> EMPLEADOIMPORTANTE))
GROUP BY EMPLEADO
También puedes enviarle un parámetro para que ejecute una sola de las dos...
Código SQL
[-]
SELECT EMPLEADO,SUM(TOTAL) AS IMPORTE
FROM FACTURAS
WHERE ((EMPLEADOIMPORTANTE IS NULL) OR (EMPLEADO = EMPLEADOIMPORTANTE)) AND (:EJECUTA=1)
GROUP BY EMPLEADO
UNION
SELECT EMPLEADO,SUM(TOTAL * PORCENTAJE) AS IMPORTE
FROM FACTURAS
WHERE ((EMPLEADOIMPORTANTE IS NOT NULL) AND (EMPLEADO <> EMPLEADOIMPORTANTE)) AND (:EJECUTA=2)
GROUP BY EMPLEADO