Hola,
La respuesta es que sí. Puedes manipular el contenido de un determinado elemento mediante el DOM (Document Object Model). Y también es posible obtener contenido del servidor, vía una petición HTTP en segundo plano (el conocido "AJAX") y "cargar" en el elemento que quieras la respuesta correspondiente del servidor. Ambas cosas son posibles, desde luego.
PD. Yo entiendo por "capa" un elemento como "DIV", que puede hacer de contenedor incluso de otros elementos, por ejemplo.