Hace tiempo tuve que hacer una aplicación similar (no diagrama de flujo, sino un Organigrama), inicialmente estuve construyendo un componente por mi propia cuenta, hasta que encontre en
Devexpress el FlowChart y el OrgChart, dos componentes muy buenos que hacen lo que tu necesitas.
Si no me equivoco creo que
TMS Software tambien tiene algo parecido.
Espero que te sirva.
Saludos