Una forma de compactar tu base de datos es eliminando el espacio no utilizado (producto de registros borrados, etc).
En el query analyzer (si usas sql server 2000 o menor) puedes escribir el siguiente script y ejecutarlo
Código SQL
[-]DBCC SHRINKDATABASE (TU_BASE_DE_DATOS,10)
GO
El numero 10 indica el espacio en blanco que dejara en tu base de datos en Megabytes.
Saludos