La mejor solucion es hacer HOOK a las APIs que necesitas monitorear, una para saber a que carpeta cambia el proceso X, a otra para ver cuando la crea, a otra para ver cuando accede a un archivo, etc. etc.
La otra solucion es ir abarcando paso a paso los casos; por ejemplo la
deteccion de cambios en una carpeta (
otro), e ir viendo los posibles
Hooks.
La tercera solucion tambien es interesante pero muy dependiente del fin el cual te ha llevado a iniciar el hilo. Puedes monitorear el Caption de la ventana con la cual esta trabajando el usuario, con ello tendras una idea de las cosas que el mismo ha echo en un determinado momento.
Suerte.