bueno hay varias formas puedes empezar por leer el how to sobre como compilar el kernel o consultar una de los siguientes links
en español
http://es.tldp.org/FAQ/FAQ-R34.LINUX...4.LINUX-5.html
http://www.frikis.org/staticpages/index.php/kernel
en ingles
http://www.falkotimme.com/howtos/deb...el2.6_compile/
http://www.howtoforge.com/kernel_compilation_ubuntu
o si te interesa ir un poco mas alla esta el proyecto Linux from scratch el cual te dice desde cero como iniciar una distribucion linux compilando todos los elementos que la componen
http://www.linuxfromscratch.org/