a mi me ha pasado algo asi.(como a ti supongo)
tengo mi carpeta de pruebas. y la de codigo fuente
asi.
Código:
mi programa
src
bin
deploy
instalador
en deploy estan el ejecutable, los archivos de programa, dlls,
imagenes, archivos de ayuda chm
y demas, el exe principal funciona muy bien en esa carpeta.
pero al hacer el instalador y al instalar el programa no funciona
por que la estructura y ubicacion de los archivos no es la misma
que la de de deploy.
puede ser ese tu caso.