La solucion propuesta no me parece correcta, se esta mezclando dos cosas diferentes en una misma funcion no se debe mezclar el interface con la implementacion.
Que pasaria si en lugar de mostrar o no mostrar un simple mensaje de error fuese necesario hacer muy diferentes acciones segun desde donde se llame ? , por ejemplo en unos casos podriamos necesitar enviar por correo electronico un aviso, en otros poner un simple mensaje, en otros casos no hacer nada, en otros mostrar el error de otra forma distinta a una simple ventana con un mensaje, etc. tendrias que pasarle a esa funcion un monton de parametros no una simple variable booleana.
Lo logico en ese caso es que la funcion devuelva un valor verdadero o falso que indique si ha hecho lo que tenga que hacer, y el mensaje se muestre desde el formulario que hace la llamada a esa funcion en funcion del resultado devuelto por la funcion.
Incluso podria paracer mas logico que el siguiente codigo tambien estuviese fuera de la funcion:
Código:
if(!viewer.getMolecula().EsAdyacente(A, this)){
viewer.showMessage("Error, seleccione un fragmento correcto", "Accion Invalida", 2);
}
Saludos