Hola,
Ignoro la causa del problema, pero, prueba con la siguiente instrucción en lugar de con "StayOnTop" a ver si hay suertecilla...
Código Delphi
[-]
SetWindowPos(HandleForm, HWND_TOPMOST, 0, 0, 0, 0, SWP_SHOWWINDOW);
SetWindowPos(HandleForm, HWND_NOTOPMOST , 0, 0, 0, 0, SWP_SHOWWINDOW);