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Bueno, como comenta el amigo Marcos, muchas veces es sentido común y, también depende de la complejidad que quieras darle a la aplicación.
Por ponerte un ejemplo. Una tabla de clientes puede tener muchas dependencias, según los campos que quieras que tenga ésta. Si, por ejemplo, quieres almacenar el país del cliente, puedes poner un campo alfanumérico de 50 y listo, ya puedes ingresar el país, a bien puedes complicarlo creando una tabla secundaria de paises y em la de clientes sólo guardar la clave de dicha tabla. Y así se me ocurren miles de ejemplos. Cualquier cosa que sea digna de reutilización, la puedes poner en una tabla secundaria (los paises los puedes aprovechar para proveedores, empleados,..., y otros clientes), de esta manera le evitas trabajo a la persona que maneja el programa.
Lo más fácil de una aplicación, creo yo, es definir las tablas maestra. Las secundarias, como digo, es ver qué complejidad le quieres dar al programa y/o qué facilidad le quieres dar al usuario final
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