Mira, lo que debes hacer es crear un formulario, con el método POST, a la misma página. Javascript, lo debes usar para crear el valor, puede ser en un input hidden. Luego, has que cuando el formulario se envíe, llame a la función reemplazar. La parte HTML debe ser así:
Código:
<form method="post" action="pagina.php" onsubmit="reemplazar()">
<input type="hidden" id="mi_input" name="mi_valor" value="">
</form>
El javascript está bien, solo agrégale a la función reemplazar, algo que le de al input hidden el valor final:
Código:
document.getElementById('mi_input').value=valor_final;
Luego, usas este código PHP para tomar la variable final:
Código PHP:
<?php
if(isset($_POST['mi_valor'])) //Comprueba que el input se ha enviado
{
$var=$_POST['mi_valor'];
}
?>
Espero ayudarte.