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Depende de lo que necesites.
El PHP, como imagino que sabes, se ejecuta en el servidor y el Java en el cliente. Si necesitas hacer webs cuyo contenido sea dinámico, que se apoye en bases de datos y demás, deberías plantearte meterte con el PHP, sino es así, con el Java podrías escapar.
Yo te recomendaría que optes por la primera opción. Te da más juego a la hora de diseñar webs y la complejidad no es tanta.
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Un programa 100% libre de errores, es una expresión 50% falsa.
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