Hola,
Pues ignoro si InnoSetup incorpora algo como lo que necesitas. Lo que puedes hacer en todo caso es preparar tú mismo (en Delphi, si es que se trata de Delphi) el asunto. Es más... yo diría que InnoSetup no incorpora algo así, pero, quién sabe... quizás buscando un poco...
Lo que sí puedes es
buscar en estos Foros, puesto que el tema de cómo actualizar un programa se ha tratado en varias ocasiones, a veces llegando a interesantes debates entorno a ello.