Hola,
Tienes que empezar por el principio. Por lo que has comentado antes, no necesitarás distribuir con tu programa ninguna librería ni programa "externo", de modo que el asunto puede resumirse en copiar los archivos que conformen tu programa en el sistema de destino, es decir, donde se instale tu programa.
Pero has de empezar por el principio. Si descargaste InnoSetup verás que con él vienen unos cuantos ejemplos. Revísalos y ve tanteando el asunto. No es complicado, pero, en todo caso cuentas con dichos ejemplos y con una ayuda que incorpora el programa la mar de bien hecha.
Cuando te surgan problemas concretos coméntalos por aquí (o en otro hilo si quieres), pero, hasta entonces... creo que has de empezar tú mismo poco a poco.
