Hola.
Para el problema que planteas, mi solución es la siguiente.
Creo un instalador con inno setup, que me actualiza el ejecutable, y ademas lanza un programa, que me actualiza la estructura de la/s bases de datos.
El usuario sólo tiene que ejecutar la actualización.
Ademas queda muy profecional
![Stick Out Tongue](http://www.clubdelphi.com/foros/images/smilies/tongue.gif)
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Saludos.