Aunque depende si tu programa accede a ciertas partes del SO y si hace cosas inusuales que un programa comun y silvestre no harían, si es así lo puede tomar como virus, a mi me ha pasado varias veces, pero como dicen los compañeros de arriba mientras más complejo sea el código, en cuanto a tecnicas de programación, más dificil es que te lo detecte el antivirus. Pero como se dice: todo lo hecho por el hombre puede ser roto por el mismo hombre jeje