Si entendi tu pregunta, quieres saber como hacer que los antivirus no piensen que tu programa es un virus.
Antes de seguir ¿tu programa es un virus?
... tenia que preguntar.
Ahora en serio, los antivirus sospechan cuando un programa hace "cosas extrañas": bajar archivos de internet, usar hooks, etc. No creo que la solución sea cifrar el ejecutable, eso haría saltar todavía mas alarmas, muchos antivirus sospechan de los ejecutables que están cifrados o comprimidos.
Es lo que hay, si tu programa no es un virus solo tienes que advertir a tus usuarios de que tu programa puede provocar falsos positivos y ellos tendrán que tomar medidas para que su antivirus no moleste a tu programa.