Como dice Neftali debes informarte en la universidad cual es el rumbo particular que lleva cada una, pero algo general es que en ingenieria en computacion esta mas orientada a redes y electronica, y ves cosas como
Redes y telecomunicaciones
Inteligencia Artificial
Desarrollo de software
procesamiento digital de imagenes
y en Ingenieria en sistemas de informacion esta mas orientada al desarrollo de software y administracion
Optimización de la Información
Modelado de Sistemas de Información
Minería de Datos
Sistemas Empresariales de Planeación y Administración de Recursos
esto en las universidades que conozco y tengo conocimiento por supuesto asi que pues si es necesario que te informes un poco donde pienses estudiar,espero que haya podido servirte de algo Hasta pronto