Según mi experiencia personal, lo que me cuentan colegas del ramo y lo que he visto y leído por ahí, yo utilizaría Java. A pesar de sus defectos (lentitud respecto a .NET, necesita mucha más memoria, "library hell"...) tiene las ventajas de estar muchísimo más extendido ya que está implementado en casi todos los sistemas operativos existentes (incluso en los casi desconocidos BeOS, QNX, Small Talk, etc.), hay una mayor variedad de entornos de desarrollo y de librerías. Además el C# es casi idéntico a Java (o eso me pareció lo poco que lo he estudiado).
Que conste que es mi opinión personal y que aunque no me guste .NET tampoco me gusta Java.
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