Supongo que usas MySQL. En tal caso, basta que antepongas el nombre de la base y un punto:
Código SQL
[-]
SELECT
base1.clientes.codigo_cliente, base1.clientes.nombre_cliente,
base2.factura.codigo_cliente, base2.factura.......
FROM base1.clientes, base2.factura
WHERE base1.clientes.codigo_cliente = base2.factura.codigo_cliente
// Saludos