Puedes usar el
truco 388 para averiguar cuantas instancias de tu ejecutable están ejecutándose. Aunque puede que tengas problemas si lo utilizas con cuentas limitadas, pruebalo, y nos cuentas que resultado obtienes.
Si lo anterior no funciona te sugiero utilizar un método simple pero efectivo, crear un archivo en un directorio al que tengan acceso todos los usuarios, y cada vez que tu aplicación se ejecute lo intentara abrir, denegando el acceso a los demás. De este modo, si se ejecuta una segunda aplicación, al intentar abrir el archivo se obtendrá un error que indicara que la aplicación ya esta en uso.