Hola,
Es curioso... yo acabo de probarlo en Internet Explorer 7, Opera 9 y Firefox 2 y en estos tres navegadores funciona como se espera. ¿Probaste sólo el código que copié? A ver si lo haz mezclado con "algo" y por eso no va bien...
Código:
<a onclick="return confirm('Seguro?');"
href="http://www.clubdelphi.com">ClubDelphi.com</a>
Copia ese código en un nuevo archivo y guarda este como documento HTML (.html)... debería funcionar... la lógica es la que antes he dicho: El "OnClick" del enlace se ejecuta antes que el propio enlace... es decir, antes de cargar el "href" se ejecuta el "OnClick".
Pues bien. Si este evento retorna "False", enlaces no se carga el enlace. Si retorna "True" se carga el enlace. Si quieres utilizar una función (porque tengas que comprobar alguna que otra cosa) puedes hacerlo también, pero, no habrás de olvidar el "return" en el evento "Onclick", de modo que el resultado de la función sea "True" o "False" y el efecto sea el mencionado arriba.
Nota: En Internet Explorer 7, curiosamente, te aparece una advertencia de seguridad... con sólo el código anterior... que ya es ser suspicaz, digo yo, y, si no permites la ejecución del contenido bloqueado... se cargará el enlace de marras si el usario lo pulsa. Si desbloqueas el contenido entonces todo va como se espera.
Ya digo, lo he probado en Internet Explorer 7, Opera 9 y Firefox 2.