No conozco si existe algún componente con este propósito, pero no te lo niego porque desconozco el asunto. Pero de todos modos te recomiendo que busques información sobre la estructura del archivo, pues no creo que sea algo muy complejo de implementar.
http://www.rcsb.org/pdb/info.html#Fi..._and_Standards
PD: Aunque parezca un chiste, existe una herramienta llamada "Delphi" para hacer cálculos moleculares.
Saludos!