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Pueden utilizar una búsqueda heurísitica (buscar los contenidos del directorio principal y los sub-directorios). normalmente ese tipo de busqueda devuelve el valor de todos los directorios y/o archivos que encuentra, cada uno lo pueden agregar en una lista y luego comparar las dos listas. Esa creo que sería una forma más sencilla de realizar su tarea.
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