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Dices que para cada uno generas un archivo de configuración, pero, a juzgar por los nombres de las secciones, [mysqld1] y [mysqld2], da la impresión de que estás usando un sólo archivo. No creo que eso pueda hacerse. Debes instalar cada copia en su propio directorio con su propio archivo my.ini y con su propia sección [mysqld].
De cualquier forma, creo que es demasiado instalar dos copias tan sólo para cambiar la carpeta de datos. Esto no es como Paradox, donde cada base debía tener su propio directorio; deja que mysql guarde donde le plazca los datos, que a ti sólo debe preocuparte el acceso a ellos a través de SQL. Bueno, sólo una opinión.
// Saludos
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