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Yo lo que no entiendo es como vas a diferenciar los programas "buenos" de los "malos". Si como dices, esta permitido a cualquiera bajar y ejecutar programas, como sabrás cuando esta ejecutando un programa legitimo y cuando un keylogger, por ejemplo. No tiene mucho sentido tener una lista de de aplicaciones buenas y malas, cualquiera de las listas seria infinita.
La cosa esta clara, o permites o no permites que los usuarios ejecuten lo que quieran, aquí no hay soluciones intermedias. Incluso conociendo TODOS los ejecutables maliciosos, calculando su hash, y creando la lista negra, nada impediría a un aprendiz de hacker, comprimir el ejecutable con UPX, variando así su hash y volviéndolo indetectable.
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