Se me ocurre que configures tu lector para que en la misma cadena pero antes de enviar el código envié un carácter especial que sea reconocido por tu aplicación y de esa manera entienda que esa entrada viene del lector y otro carácter al final para que la aplicación cierre de nuevo cualquier posibilidad de escribir otra cosa, y así si alguien trata de hacerlo desde el teclado pues no sabrá cual es ese carácter especial y por lo tanto tu aplicación no dejara escribir nada.
Nota: Las configuraciones de estos lectores vienen por lo general en un manual de usuario con el dispositivo.
No se si me hice entender pero espero que si y que ademas te sirva de algo.
