Aunque no estoy familiarizado con los servicios, tu problema me suena a que estas registrando algo en el registro de windows, básicamente en HKEY_CURRENT_USER y debería estar registrado en HKEY_LOCAL_MACHINE, por eso es que al cambiar de usuario no se ejecuta un programa.
Pero bueno, como dije anteriormente, no se nada de servicios.
Saludos y espero ayude de algo.
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