Como es eso de que no ve, sera que no mira donde tiene que mirar
Ahora en serio, me imagino que tu servicio busca al otro programa por medio de su ventana, o algún método similar. Y también supongo que tu servicio funciona cuando marcas la opción de que tu interactué con el usuario actual, ya que de esta manera ambas aplicaciones comparten el mismo desktop. Pero me pregunto entonces, por que si te funciona así quieres que funcione de otra manera, también me pregunto por que no buscas el proceso a controlar a través de su ejecutable y no a través de su ventana. Y por ultimo, siempre puedes intentar introducirte en el mismo desktop que la aplicación, pero eso se me antoja complicado, aunque creo que no imposible.
Pues eso, te dejo mas preguntas que respuestas
