Eso pasa sobre todo con archivos realizados en MS-DOS, ya que la tabla de códigos que se usaba era la 437 (teclado español) ahora en windows se usa la alfabetización internacional, que creo que es la 850 (antiguamente "multilingüe").
Intenta cambiar el idioma de tu teclado a alfabetización internacional o bien España alfabetización Tradicional y reinicia windows...
Todo esto lo digo de memoria, pero creo que por ahí van los tiros.
Otra forma es: sabiendo los códigos que tiene, usa buscar y reemplazar quitando los acentos
Suerte, espero que encuentres el caminito que lleva a Roma.