Salvo la opinion de todos la mia es que Eclipse es un ejemplo clásico de que "El que mucho abarca poco aprieta..." No es sencillo de entender, tiene muchos plugins si, pero ahi radica su complejidad. La ayuda es deficiente y en algunos momentos se siente uno que esta usando algo muy toqueteado por todos lados sin un paradigma común. Es obvio que no es lo mismo programar PHP que Java por ejemplo, aun pudiendo hacer lo mismo cada uno tiene sus métodos y técnicas particulares para trabajar.
Y lo probé ya dos veces y terminé en Zend Studio para programar en PHP y NetBeans para programar Java.
Considero que lo más importante para un "Arquitecto de Software" (uy que bonito se oye no?
) es poder empezar a meterle a código cuanto antes y no estar ahi entendiendole como es que quiere el IDE que uno trabaje. Esa es una de las cualidades que hicieron de Delphi un auténtico RAD: en tres patadas tienes ya algo funcional. Pero claro, no deja de ser mi humilde opinión..
PD. Por cierto willjce, que es eso de "debuguear" pudiendo decir en correcto español: Depurar.