Hola,
Personalmente, omití el mensaje de que hablas, que también a mí me "salió". Se supone que Aptana necesita de Firefox 1.5 para depurar el JavaScript. Yo tengo instalada la versión 2.0 (como tú). Instalé Aptana omitiendo el mensaje que refieres y bueno, lo único que acaso no pueda utilizar sea el depurador que trae incorporado, pero, yo más bien te hablaba del editor de código, de la ayuda que este pudiera proporcionarte.
Así que instala Aptana pasando por encima de ese mensaje. O instala Firefox 1.5 (ignoro si podrás tener dos versiones de Firefox en el mismo sistema) y en todo caso tira hacia adelante.
