Una opción en Flash:
http://labb.dev.mammon.se/swfupload/
La he probado un poco y parece funcionar bien y justo lo que buscas. Está bajo
licencia MIT.
No hay que saber nada de flash, simplemente usar el swf que incluye y el js que trae para crear el objeto de flash. Incluye de hecho el .fla.
// Saludos