Hola,
Bueno. Sigo sin poder decirte mucho más... únicamente que recuerdo que Apache 2 basa su configuración en varios ficheros, es decir, no como Apache 1.x que la basa en un sólo fichero. Me parece recordar además que, efectivamente, tenías que "tocar" algo en varios ficheros... no sé si te servirá de algo esto, pero, en fin, ahí queda dicho.