Pasale un buen antivirus: probá uno en línea que no te lo sacará, pero te dirá que tienes (Kaspersky, Panda) y un buen antispyware: ewido me encontró muchísimas cosas que otros no, parece que es bueno.
Y otra cosa haría yo después de asegurarme que no sea problema de virus: correr un programa que arregle el registro (RegSeeker, registry mechanic,jv16 PowerTools) y hacer un scandisk completo del disco también.
También podrías pasarle una herramienta para ver si tienes algún root-kit, esos son bastante jodidos (pero no creo que tengas por lo que dices)
Saludos
