Esto se debe a que Alt-F4 se usa para cerrar la aplicación y Ctrl-F4 para cerrar las ventanas hijas...
Podrías probar con el siguiente código el cual no he probado:
Código Delphi
[-]
procedure TForm1.FormKeyDown(Sender: TObject; var Key: Word;
Shift: TShiftState);
begin
if (Key = VK_F4) and (ssAlt in Shift) and (MDIChildCount > 0) then
ActiveMDIChild.Close
end;
Este código verifica si existen ventanas hijas abiertas, si es así, cierra la ventana hija activa, de otra manera, se cierra la aplicación...
Saludos...