A no ser que utilices paquetes para acceso al filesystem o algún paquete (que escapa a mi memoria
) que tenga mucha relación con el SO. Desde el cliente tendría que ser totalmente transparente.
Pero el servidor funcionará muy distinto en un Unix/Linux que en un Windows. Un ejemplo básico es que en Windows cada instancia del motor y todas sus conexiones corre en un único proceso, y estos procesos tienen un tamaño limitado, dependiendo de la versión de Windows no podrás superar los 2GB de memoria. Por el contrario en UNIX cada conexión se ejecuta en un proceso separado, lo que produce que sea mas flexible e inmediato si queres matar este proceso desde el SO, y con límites no tan acotados.
Saludos!