En la sección de trucos encontraras varios que sirven para ejecutar un programa y esperar a que termine (
truco 30,
truco 168, etc), pero permite adivinar tu situación y si estoy equivocado, lo mas seguro, ignoras lo siguiente. Tienes un programa de dos y estas redirigiendo su salida a un archivo para luego poder leerlo, si es esa la situación, te sugiero el
truco 54, es una función que le pasas un programa o comando de dos, con todos sus parámetros, y te devuelve la salida en un string.