Hay muchas formas de matar pollos:
1.-Como dice Dec, es una muy buena idea de copiar el .gdk por medio del FTP
2.-Puedes hacer una aplicación donde vas creando Script's de Inserciones, Actualizaciones y Borrados de registros y mandar estos Script's a la(s) Sucursal(es) correspondiente(s)
3.-Usar el Reaplicador para Firebird en la página
www.ibphoenix.com, con este programa puedes tener tus BD's al día, pero el problema es la velocidad de transmisión, No lo he probado, he leido un poco de esto, pero hay que hacer pruebas.
4.-Hacer una Aplicación con Webservices ó en 3 capas(DataSnap)
Saludos....