Si la intension es conectar 2 aplicaciones que se conecta por puerto serie a traves de la red utilizando TCP/IP tenes 2 opciones:
1-Exisite en el mercado adaptadores de puerto COM a RED, en esto adaptadores no es necesario saber nada del protocolo salvo la IP destino (que lo podes setear en el hadware con lo cual no cambias nada de la aplicación).
2-Montar una conexión socket y el protocolo interno podes seguir utilizando el mismo que estas utlizando por puerto COM es decir si estabas usando xmodem para pasar informacion de una aplicacion a otra lo podes seguir usandolo pero atraves del socket.
espero haberte ayudado