[roman]

Tienes dos opciones. Colocalo como shell para todos los usuarios o para un usuario en particular. Yo haría esto último para poder entrar como administrador al shell normal.

Para todos los usuarios te vas al registro de Windows y abres la llave:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon

Ahí encontrarás la entrada

Shell = explorer.exe

Cambias su valor por la ruta a tu aplicación.

Para un usuario en particular, inicias sesión como ese usuario y también en el registro abres la llave

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon

Agregas la entrada Shell apuntando a tu aplicación.

// Saludos