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Yo he hecho una aplicación de este tipo que utiliza un módulo intermedio (EXE), que es el que implementa la lógica de la actualización, digamos que el "Servidor" recibe su actualización, la pone en el disco y le dice a este módulo que se encargue de actualizarla, este módulo se encarga de cerrar el servidor, copia la actualización sobre el servidor y la ejecuta para que el servicio quede activo...
Obviamente no es la única solución, pero no es una mala idea y es un poco mas seguro que crear archivos bat, pero requiere mayor infraestructura!

Saludos!