Yo tambien esto haciendo algo parecido en estos momento. El tema es que lo mio es mas general ya que se puede ejecutar un pequeño pedazo de codigo (bajado por FTP) que incluyen varios comandos programables.
El tema lo resolvi asi: (en diseño, ya que no esta implementado esa parte todavia)
1) Se baja el ejecutable nuevo (en este caso) en una carpeta TMP
2) Se baja un .bat donde las lineas que tiene son las de copy de un lugar a otro.
3) Se instala el temporal en el inicio o en el regestry - run
4) Se pide que reinicie la maquina. Cuando se reinicia el BAT hace el reemplazo correspondiente.
Hay varios temas pendientes pero son detalles que se pueden eliminar o modificar. Espero que te sirva.
Gracias:
PD: Ya que andamos en algo parecido me interesaria no dejar este tema colgado y trabajar juntos....
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