Hola,
Si tenemos la necesidad de desarollar un Servicio de Windows (y recalco esto porque este tipo de aplicaciones no es el habitual, pasa un poco me temo que con las aplicaciones multi-hilo, que, de no ser necesarias, no tienen sentido, claro está) creo que mejor será dejar al Servicio hacer lo que tenga que hacer.
Esto es, si necesitamos además que el usuario pueda interactuar con el Servicio de Windows, y los programas que para esta tarea cuenta Windows no nos parecen suficientes, de acuerdo, prográmese una aplicación que sea la que medie entre el usuario y el Servicio de Windows.
Porque no veo dónde está lo positivo de que el Servicio tenga que estar pendiente de si el proceso "explorer" se ha iniciado para así mostrar un icono en la bandeja del sistema, por ejemplo. Está claro que el el usuario no ha iniciado una sesión este no va a interactuar con el Servicio. Por lo tanto, hagamos una aplicación que se iniciará (si es menester) cuando se inicie Windows, esto es, cuando el usuario inicie una sesión.
Y que sea ese programa el que trate con el Servicio de Windows, es decir, lo pueda pausar, reanudar, poner en marcha, parar, cambiar su forma de inicio, etc., etc., etc. ¿No?