Hola,
Yo creo que el problema está en mostrar el formulario en donde se mostrará a su vez el mensaje de forma "modal". Es decir, ¿probaste mostrando el formulario con el método "Show", y, si quieres que permanezca por encima, cambiando su propiedad "FormStyle" a "fsStayOnTop"? En cualquier caso gracias por tu mensaje, pues contiene información que me parece interesante. A ver si es posible solucionar el problema.