Hola
soto, a mi modo de ver puedes hacerlo de dos formas:
a) Si tienes Delphi instalado en el ordenador
Como la estructura de My.ini es la de un TIniFile (SECCION, VARIABLE, VALOR), solo tendrias que hacerte una aplicación que copiara los valores de "basedir" y "datadir" de una sección tuya a la sección "mysqld" y salvar el nuevo "My.ini" modificado
b) No tienes Delphi, entonces utilizar un programilla en DOS
1º - Modificar el "My.ini" para que "basedir" y "datadir" apunten a otro sitio (por ejemplo basedir=G:\WWW\mysql y datadir=G:\WWW\mysql\data) donde previamente habras copiado la estructura de directorios que utilizas actualmente
2º - Hacer el programilla DOS que, dependiendo de un número de menú, mueva la estructura de "datadir" al sitio original y luego vuelque la estructura del data que vas a utilizar a donde apunte "datadir" (algo así como hacer primero un backup y luego un restore "machacando")
En ambos casos (por seguridad) deberias parar el servicio, modificar (My.ini o programilla DOS) y reactivar el servicio.
Espero que te sirva de ayuda, si quieres algo más, "chifla",
Saludos, salvica