Ya lo solucione, y me da pena decir como... pero bueno... todo radicaba en que no tenia indices en ninguna de las dos tablas, y lo arregle colocando
IDANAMNESIS_TEXTO como indice en las dos tablas:
Nota: Tambien probe con pero sin los indices seguia igual de lento
Código SQL
[-] update TANAMNESIS a set a.FECHA_AUTORIZADA = cast('now' as date)
where not exists
(select * from temporal t where t.IDANAMNESIS_TEXTO=a.idanamnesis_texto)
Muchas gracias por sus respuestas